So lesen Sie eine Plasmidkarte

Eine Plasmidkarte ist die relative Position der Elemente innerhalb des Plasmids. Eine Plasmidkarte kann durch Verständnis der Merkmale des Plasmids gelesen werden. Sie sind der Name und die Größe des Plasmids, die Elemente des Plasmids, ihre relativen Positionen und die Orientierung des Promotors. Der Replikationsursprung (ORI), das Antibiotika-Resistenzgen, die multiple Klonierungsstelle (MCS), das Insert oder Gen von Interesse, die Promotorregion, der selektierbare Marker und die Primerbindungsstelle sind die Elemente eines Plasmids. Die relativen Positionen der Elemente in einem Plasmid können durch Kartieren des Plasmids bestimmt werden. Der Vorgang der Kartierung von Plasmiden wird als Restriktionskartierung bezeichnet.

Wichtige Bereiche

1. Was ist eine Plasmidkarte?
     - Definition, Einschränkungszuordnung
2. So lesen Sie eine Plasmidkarte
     - Merkmale eines Plasmid MapP

Schlüsselbegriffe: Elemente, Name und Größe des Plasmids, Orientierung des Promotors, Plasmidkarte, Restriktionsenzyme, Restriktionskartierung

Was ist eine Plasmidkarte?

Eine Plasmidkarte ist eine grafische Darstellung eines Plasmids, die die Positionen von Hauptmarken oder Elementen des Plasmids zeigt. Die relativen Positionen von Elementen innerhalb eines Plasmids können durch identifiziert werden Restriktionsabbildung. Eine Restriktionskarte ist eine Karte von Restriktionserkennungsstellen in einem bestimmten Plasmid. Daher ist es an der Verdauung des Plasmids durch Restriktionsenzyme beteiligt. Eine Restriktionskarte wird in angezeigt Abbildung 1.

Abbildung 1: Restriktionskarte

Beim Restriktionsmapping können zwei Methoden verwendet werden:

1. Restriktionsverdauung

- Restriktionsverdau des Plasmids mit einem oder zwei Restriktionsenzymen

- Die Kartierung des Plasmids basierend auf der Größe der Fragmente ergab sich aus dem Plasmid

2. Sequenzierung

- Sequenzierung des gesamten Plasmids

- Identifizierung der Elemente des Plasmids

So lesen Sie eine Plasmidkarte

Abbildung 2: Plasmidkarte

Das Lesen einer Plasmidkarte konzentriert sich hauptsächlich auf die Merkmale des Plasmids. Sie sind;

1. Name und Größe des Plasmids

• Der Name und die Größe des Plasmids sind in der Mitte des kreisförmigen Plasmids angegeben.

2. Die Elemente eines Plasmids -

• Replikationsursprung - die DNA-Sequenz, die an der Initiierung der Replikation durch Rekrutierung der bakteriellen Transkriptionsmaschinerie beteiligt ist.
• Antibiotika-Resistenzgen - ermöglicht die Selektion von Plasmid enthaltenden Bakterien in einem Selektionsmedium.
• Multiple cloning site - Eine kurze Sequenz, die aus mehreren Restriktionserkennungsstellen für die Insertion eines fremden DNA-Fragments besteht
• Insert - das in das Plasmid eingefügte Gen von Interesse
• Promotorregion - Bindungsstelle für RNA-Polymerase während der Transkription
• Selektierbarer Marker - ermöglicht die Auswahl der erfolgreichen Expression des eingefügten Gens
• Primerbindungsstelle - dient als Initiationsstelle für die PCR-Amplifikation des Plasmids zur Sequenzierung

3. Die relativen Positionen der Elemente innerhalb des Plasmids

• Die relativen Positionen der Plasmidelemente werden durch Restriktionskartierung oder Sequenzierung abgebildet.

4. Die Orientierung des Promotors 

• Die Orientierung des Promotors innerhalb des Plasmids ist wichtig für die Bestimmung der Orientierung aller anderen Elemente des Plasmids, insbesondere der Orientierung des eingefügten Gens. Die Transkription wird am 3'-Ende des Promotors initiiert. Daher sollte das Gen in der richtigen Orientierung sein, um exprimiert zu werden.

Fazit

Eine Plasmidkarte kann gelesen werden, indem man die Merkmale der Plasmidkarte wie den Namen und die Größe des Plasmids, den Typ der Elemente im Plasmid und seine relativen Positionen und die Orientierung des Promotors versteht.

Referenz:

1. "Was ist ein Plasmid?" Addgene, Hier verfügbar.

Bildhöflichkeit:

1. "PDONR221 Map" nach Nothingserious - Sequenz analysieren: pDONR221. Addgene. Abgerufen am 24. Januar 2016 (CC0) über Commons Wikimedia
2. „PGEX-3X-Klonierungsvektor“ von Magnus Manske - Erstellt von Magnus Manske (CC BY-SA 3.0) über Commons Wikimedia